В Киргизии раньше, чем в других республиках Средней Азии, появились демократические институты и возникла демократическая оппозиция. В 1988–1991 здесь были созданы несколько массовых политических организаций, оформленных как партии или народные движения. В 1990 силы оппозиции объединились в Киргизское демократическое движение (КДД). К наиболее влиятельным организациям, входящим в его состав, относились: Партия национального возрождения «Асаба» (социал-демократическая); центристское демократическое движение «Ашар»; Демократическая партия свободной Киргизии (радикальных демократов); «Народное единство» (левоцентристы); Союз гражданского согласия (коалиция национально-культурных движений меньшинств, проживающих в Киргизии, включая русских, корейцев, уйгуров, татар, башкир, узбеков и евреев); Аграрная партия. В 1992 от Демократической партии свободной Киргизии отделилась Партия «Ата-Мехен» («Отечество»); она провозгласила себя «центристской либеральной» партией, однако оппоненты отмечают, что в ней не представлены русские и другие славянские народы. В марте 1993 возобновила свою деятельность реорганизованная Коммунистическая партия, запрещенная в августе 1991 (под названием Партия коммунистов).

В 1995 в Киргизии было официально зарегистрировано 19 партий и ок. 600 общественных объединений. Наиболее значительные партии: Демократическая партия «Эркин Кыргызстан», Партия национального единства «Асаба» («Голубой стяг»), Партия коммунистов, Партия «Ата-Мехен» («Отечество»), «Демократическое движение Кыргызстана», Социал-демократическая, Аграрная, Аграрно-трудовая, Народная, Республиканская партия, Партия единства Кыргызстана, Демократическая партия экономического единства Кыргызстана, Партия духовного возрождения «Манас эл» («Народ Манаса»), Демократическая партия женщин Кыргызстана.

В октябре 1990 Аскар Акаев, президент Академии наук Киргизской ССР, был избран Верховным советом (законодательным органом республики) при поддержке коалиции оппозиционных партий на пост президента страны. Акаев никогда не принадлежал к правящей элите и даже не был членом коммунистической партии. Чтобы уменьшить влияние могущественного Центрального комитета Компартии Киргизии (ЦК КПК), Акаев создал Президентский совет, состоявший из демократически ориентированных представителей киргизской интеллигенции и специалистов. Тем не менее фактически государственная власть находилась в руках ЦК КПК во главе с его первым секретарем Абсаматом Масалиевым. Еще в сентябре 1990 некоторые члены КДД устроили голодовку, требуя смещения Масалиева с должности первого секретаря. КДД распространила «Декларацию о суверенитете», которая получила поддержку населения.

После многочисленных дискуссий с президентом Акаевым в апреле 1991 Масалиев вышел в отставку. Тем не менее КПК удерживала контроль над большинством правительственных органов, как на республиканском уровне, так и на местах. Такое положение сохранялось до попытки государственного переворота в Москве в августе 1991, после чего КПК была объявлена вне закона. Акаев, единственный из среднеазиатских лидеров, выступил против переворота.

Еще в начале 1991 некоторые оппозиционные партии, в особенности Партия свободной Киргизии, требовали снятия коммунистов с руководящих постов в правительственных и хозяйственных органах. Этот процесс, начавшийся с отставки Масалиева, завершился к сентябрю 1991.

На президентских выборах 12 октября 1991 был избран А.Акаев.

К моменту распада СССР в Киргизии уже существовали демократическое правительство и развитая многопартийная система. Парламент принял законы о приватизации государственных предприятий и иного государственного имущества, а в мае 1993 была принята новая конституция страны.

На референдуме в январе 1994 Акаев получил поддержку большинства населения. В 1995 он, по примеру лидеров других центральноазиатских республик, выступил с просьбой о продлении своих президентских полномочий до 2001, однако парламент настоял на выборах, которые состоялись 24 декабря 1995. Несмотря на серьезную конкуренцию со стороны других кандидатов в президенты, Акаев одержал убедительную победу, получив более 71% голосов. В 1998 парламент принял решение, что в декабре 2000 Акаев, если пожелает, сможет баллотироваться на третий президентский срок.

В 1990-е годы парламент республики претерпел ряд преобразований. В июле 1994 президент распустил Верховный совет, который избирался еще в советский период, и назначил на 5 февраля 1995 выборы в новый двухпалатный парламент (Жогорку Кенеш), состоящий из 35 членов Законодательного собрания и 70 членов Собрания народных представителей (депутатов).

Внешняя политика. Еще до распада СССР администрация Акаева предпринимала шаги по расширению международных связей Киргизии. После получения независимости работа в этом направлении велась еще более энергично. Киргизия была признана большинством стран мира и установила с ними дипломатические отношения. Были заключены также двусторонние соглашения со всеми странами СНГ. В 1992 Киргизия стала членом ООН.

Развитие связей со странами Запада, и особенно с США, было сориентировано на получение помощи от международных финансовых организаций. В то же время предусматривалось сохранение дружеских отношений с Россией и другими странами СНГ, а также активное участие Киргизии в Союзе четырех (Казахстан, Россия, Белоруссия, Киргизия); поддержание связей с соседними государствами Центральной Азии, подкрепленное участием Киргизии в Центральноазиатском экономическом союзе; установление добрососедских отношений с Китаем, подтвержденных соглашениями о границах и взаимной безопасности.